Dalam sebuah wawancara, Billie Joe mengatakan bahwa lagu ini adalah tentang "kehilangan seseorang yang sangat kamu cintai". Dia juga mengatakan bahwa lagu ini adalah tentang "mengingat orang yang kamu cintai dan bagaimana mereka mempengaruhi hidupmu".
Lagu ini juga merupakan refleksi dari diri Billie Joe sendiri. Dalam lagu ini, dia menggambarkan dirinya sebagai seorang anak yang kehilangan ayahnya. Dia juga menggambarkan dirinya sebagai seorang pria dewasa yang masih bergulat dengan rasa kehilangannya.
"Wake Me Up When September Ends" adalah lagu yang menyentuh dan penuh emosi. Lagu ini adalah lagu tentang kehilangan, kesedihan, dan harapan.***