Setelahnya, Bung Tomo yang ditahan akibat diduga terlibat unjuk rasa mahasiswa yang menentang kebijakan Orde Baru.
Bersamanya ditahan juga jurnalis Mahbub Juaedi dan ahli hukum Ismail Suny. Menurut Bambang, sejak keluar dari penjara. Bapak (Bung Tomo) tak lagi meledak-ledak meskipun hati, sikap dan kata-katanya tetap satu, konsisten.
4. Wafat di Mekah dimakamkan TPU biasa
Bung Tomo dikenal sangat religius dan bersungguh-sungguh dalam menerapkan ajaran agama.
Ia tak menganggap dirinya sebagai seorang muslim saleh, ataupun sebagai calon pembaharu dalam agama.
Hidupnya berakhir kala ia menunaikan ibadah haji pada 7 Oktober 2981, ia wafat di Padang Arafah.
Jenazahnya kemudian dibawa pulang ke Indonesia dan dimakamkan bukan di Taman Makam Pahlawan, namun di Pemakaman Umum di Ngagel, Surabaya sesuai keinginannya.
Meski wafat sejak lama, gelar sebagai Pahlawan Nasional baru disematkan kepadanya pada 10 November 2008.
Penyematan gelar terseut dilakukan pemerintah setelah didesak Gerapan Pemuda (GP) Ansor dan Fraksi Partai Golkar pada 9 November 2007.
Keputusan tersebut tertuang dalam keputusan Presiden Nomor 041/TK/TH 2008. Pemberian gelar itu disampaikan Menkominfo, Mohammad Nuh kepada wartawan di Surabaya pada Minggu 2 November 2008.