Meski begitu, ia dikenal juga berbagai kontroversinya yang terjadi selama menjabat menjadi Presiden, bahkan dikenal sebagai diktator bagi yang bersebrangan dengannya.
Sehingga, Soeharto sewaktu menjabat setelah ada gerakan mahasiswa pada 21 Mei 1998 ia lengser, lantaran mahasiswa menuntut ada reformasi dalam sistem pemerintahan Indonesia.
Selain itu, sejumlah tuntutan mahasiswa yang disampaikan, yakni mengadili Soeharto dan kroni-kroninya.
Di antaranya, melaksanakan amandemen UUD 1445, menghapus dwifungsi ABRI, melaksanakan otonomi daerah seluas-luasnya, menegakkan supremasi hukum, dan menciptakan pemerintahan yang bersih dari korupsi, kolusi dan nepotisme (KKN).***